#rna

DNA/RNA-sequentie-analyse wiskunde als een API, lokaal en deterministisch berekend. Het analyze-eindpunt rapporteert de lengte en basissamenstelling van een sequentie, de GC- en AT-inhoud, het complement, de reverse en het reverse complement (de tegenovergestelde streng gelezen 5'→3'), en het geschatte enkelstrengs moleculair gewicht. Het translate-eindpunt transcribeert DNA naar mRNA (T→U) en vertaalt het naar eiwit met de standaard genetische code in leesraam 1, 2 of 3, en geeft de één-letter aminozuursequentie, de eiwitlengte en het aantal stopcodons. Het melting-eindpunt schat de smelttemperatuur van een primer met de Wallace-regel, 4·(G+C) + 2·(A+T), voor korte oligo's en een zout-aangepaste basisformule voor langere. Sequenties zijn hoofdletter- en witruimte-ongevoelig en accepteren A, C, G, T voor DNA of U voor RNA. Alles wordt lokaal en deterministisch berekend, dus het is onmiddellijk en privé. Ideaal voor bioinformatica, moleculaire biologie, genomica en lab-app-ontwikkelaars, primer-ontwerp en sequentie-inspectietools, en biologie-onderwijs. Pure lokale berekening — geen sleutel, geen externe dienst, onmiddellijk. Live, niets opgeslagen. 3 eindpunten. Dit is sequentieanalyse; voor genoomassemblagegegevens gebruik een genomes API.

api.oanor.com/dna-api

De Rfam-database van niet-coderende RNA-families als een API, mogelijk gemaakt door EMBL-EBI. Rfam groepeert functionele RNA's die een gemeenschappelijke evolutionaire oorsprong delen in families, elk gemodelleerd door een covariantiemodel gebouwd uit een samengestelde seed-uitlijning en secundaire structuur. Doorzoek de families op naam, beschrijving of RNA-type — riboswitches en andere cis-regulerende elementen, ribozymen, microRNA-families, ribosomaal RNA, transfer-RNA, kleine nucleaire en kleine nucleolaire RNA's, lange niet-coderende RNA's en CRISPR directe herhalingen — en verkrijg de Rfam-toegang, naam, beschrijving, RNA-type en curatoren van elke familie; lees het volledige record van een familie inclusief de beschrijving, RNA-type-classificatie, de curatoren die het hebben gebouwd, het aantal sequenties in de volledige en seed-uitlijningen, de structuurbron, de curatoropmerking, de clan (groep van verwante families) waartoe het behoort en de Rfam-release; en blader door de families op RNA-klasse. Ideaal voor RNA-biologie, bioinformatica-pijplijnen, niet-coderende RNA-annotatie, vergelijkende genomica en onderwijs. Familie-toegangen zien eruit als RF00005 (transfer-RNA). Gegevens van EMBL-EBI Rfam. Voor eiwitfamilies en -domeinen, zie de InterPro API, voor eiwitsequenties UniProt, voor proteomics-datasets PRIDE en voor metabolomics MetaboLights.

api.oanor.com/rfam-api