Rfam API

De Rfam-database van niet-coderende RNA-families als een API, mogelijk gemaakt door EMBL-EBI. Rfam groepeert functionele RNA's die een gemeenschappelijke evolutionaire oorsprong delen in families, elk gemodelleerd door een covariantiemodel gebouwd uit een samengestelde seed-uitlijning en secundaire structuur. Doorzoek de families op naam, beschrijving of RNA-type — riboswitches en andere cis-regulerende elementen, ribozymen, microRNA-families, ribosomaal RNA, transfer-RNA, kleine nucleaire en kleine nucleolaire RNA's, lange niet-coderende RNA's en CRISPR directe herhalingen — en verkrijg de Rfam-toegang, naam, beschrijving, RNA-type en curatoren van elke familie; lees het volledige record van een familie inclusief de beschrijving, RNA-type-classificatie, de curatoren die het hebben gebouwd, het aantal sequenties in de volledige en seed-uitlijningen, de structuurbron, de curatoropmerking, de clan (groep van verwante families) waartoe het behoort en de Rfam-release; en blader door de families op RNA-klasse. Ideaal voor RNA-biologie, bioinformatica-pijplijnen, niet-coderende RNA-annotatie, vergelijkende genomica en onderwijs. Familie-toegangen zien eruit als RF00005 (transfer-RNA). Gegevens van EMBL-EBI Rfam. Voor eiwitfamilies en -domeinen, zie de InterPro API, voor eiwitsequenties UniProt, voor proteomics-datasets PRIDE en voor metabolomics MetaboLights.