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Rfam API

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Die Rfam-Datenbank nicht-codierender RNA-Familien als API, bereitgestellt von EMBL-EBI. Rfam gruppiert funktionelle RNAs, die einen gemeinsamen evolutionären Ursprung haben, in Familien, die jeweils durch ein Kovarianzmodell modelliert werden, das aus einem kuratierten Seed-Alignment und einer Sekundärstruktur erstellt wurde. Durchsuchen Sie die Familien nach Name, Beschreibung oder RNA-Typ — Riboschalter und andere cis-regulatorische Elemente, Ribozyme, microRNA-Familien, ribosomale RNAs, Transfer-RNAs, kleine nukleäre und kleine nukleoläre RNAs, lange nicht-codierende RNAs und CRISPR-Direct-Repeats — und erhalten Sie die Rfam-Accession, den Namen, die Beschreibung, den RNA-Typ und die Kuratoren jeder Familie; lesen Sie den vollständigen Eintrag einer Familie einschließlich ihrer Beschreibung, RNA-Typ-Klassifizierung, der Kuratoren, die sie erstellt haben, der Anzahl der Sequenzen in ihren vollständigen und Seed-Alignments, der Strukturquelle, des Kuratorenkommentars, des Clans (Gruppe verwandter Familien), zu dem sie gehört, und der Rfam-Version; und durchsuchen Sie die Familien nach RNA-Klasse. Ideal für RNA-Biologie, Bioinformatik-Pipelines, Annotation nicht-codierender RNAs, vergleichende Genomik und Lehre. Familien-Accessions sehen aus wie RF00005 (Transfer-RNA). Daten von EMBL-EBI Rfam. Für Proteinfamilien und -domänen siehe die InterPro API, für Proteinsequenzen UniProt, für Proteomik-Datensätze PRIDE und für Metabolomik MetaboLights.

#rfam #rna #non-coding-rna #riboswitch #ribozyme #bioinformatics #life-sciences
api.oanor.com/rfam-api
API-Key holen Im Playground testen → Anbieter kontaktieren

Maschinenlesbare Spezifikation, damit KI-Agenten diese API integrieren können.

/api/rfam-api/openapi.json
/api/rfam-api/llms.txt

Discovery: GET /api/index.json listet alle APIs.

Rfam API — live data on the oanor API marketplace

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DNA Sequence API — oanor API marketplace

DNA Sequence API

DNA/RNA-Sequenzanalyse-Mathematik als API, lokal und deterministisch berechnet. Der Analyze-Endpunkt meldet die Länge und Basenzusammensetzung einer Sequenz, den GC- und AT-Gehalt, das Komplement, das Reverse und das reverse Komplement (der gegenüberliegende Strang gelesen 5'→3') sowie das ungefähre einzelsträngige Molekulargewicht. Der Translate-Endpunkt transkribiert DNA zu mRNA (T→U) und übersetzt sie mit dem Standard-Gencode in Leserahmen 1, 2 oder 3 in Protein, wobei die Ein-Buchstaben-Aminosäuresequenz, die Proteinlänge und die Anzahl der Stopp-Codons angegeben werden. Der Melting-Endpunkt schätzt die Schmelztemperatur eines Primers mit der Wallace-Regel, 4·(G+C) + 2·(A+T), für kurze Oligos und einer salzangepassten Grundformel für längere. Sequenzen sind Groß-/Kleinschreibungs- und Leerzeichen-unempfindlich und akzeptieren A, C, G, T für DNA oder U für RNA. Alles wird lokal und deterministisch berechnet, daher ist es sofort und privat. Ideal für Bioinformatik, Molekularbiologie, Genomik und Entwickler von Labor-Apps, Primer-Design- und Sequenzinspektionswerkzeuge sowie Biologieunterricht. Reine lokale Berechnung – kein Schlüssel, kein Drittanbieterdienst, sofort. Live, nichts gespeichert. 3 Endpunkte. Dies ist Sequenzanalyse; für Genomassemblierungsdaten verwenden Sie eine Genom-API.

api.oanor.com/dna-api

 DNA-Schmelztemperatur-API — oanor API marketplace

DNA-Schmelztemperatur-API

DNA-Oligo- und PCR-Primer-Mathematik als API, lokal und deterministisch berechnet. Der tm-Endpunkt berechnet die Schmelztemperatur einer Primersequenz auf drei Arten: die Wallace-Regel 2·(A+T) + 4·(G+C) für kurze Oligos bis zu 13 nt, die Marmur-Wallace-GC-Formel 64.9 + 41·(nGC − 16.4)/N für längere, und die salzangepasste 81.5 + 0.41·%GC − 675/N + 16.6·log10[Na+] für eine gegebene Natriumkonzentration, und empfiehlt die richtige Methode für die Länge — ein achtbasiges ATGCATGC schmilzt bei 24 °C nach Wallace, ein 20-basiger 50 %-GC-Primer bei etwa 51,8 °C nach Marmur. Der gc-content-Endpunkt meldet die GC- und AT-Prozentsätze, die Anzahlen pro Base und das einzelsträngige Molekulargewicht. Der reverse-complement-Endpunkt gibt das Komplement, die Reverse und das Reverse-Komplement eines Strangs zurück. Sequenzen verwenden A/C/G/T (Groß-/Kleinschreibung nicht beachtet, Leerzeichen ignoriert) und [Na+] ist in mol/L. Alles wird lokal und deterministisch berechnet, daher ist es sofort und privat. Ideal für Entwickler von Molekularbiologie-, Biotech-, PCR-, Primerdesign-, Bioinformatik- und Laborautomatisierungs-Apps, Oligo- und Primer-Rechner sowie LIMS-Software. Schätzformeln für das Primerdesign, kein Ersatz für Nächste-Nachbarn-Thermodynamik. Reine lokale Berechnung — kein Schlüssel, kein Drittanbieterdienst, sofort. Live, nichts gespeichert. 3 Endpunkte. Dies ist die Oligo-Schmelztemperatur; für populationsgenetische Allelfrequenzen verwenden Sie eine Genetik-API.

api.oanor.com/dnamelt-api

 Genome Assemblies API — oanor API marketplace

Genome Assemblies API

Referenz-Genomassemblies als API – unterstützt durch NCBI Assembly, das Register der Genombuilds für Organismen im gesamten Baum des Lebens. Durchsuchen Sie Assemblies nach Organismus (oder Freitext) und rufen Sie die Metadaten jedes Assemblies ab: seine Accession (GCF_… RefSeq oder GCA_… GenBank), Name (z. B. GRCh38.p14), Organismus und Taxon-ID, Assembly-Level (vollständiges Genom, Chromosom, Scaffold oder Contig), Kontiguitätsstatistiken (Contig- und Scaffold-N50), Sequenzierungsabdeckung, RefSeq-Kategorie, UCSC- und Ensembl-Namen, die einreichende Organisation, Veröffentlichungsdatum und FTP-Download-Pfade. Vom menschlichen Referenzgenom bis zu jedem sequenzierten Mikroben, Pflanze oder Tier verwandelt es das Genom-Assembly-Register in eine saubere Such- und Abruf-API. Ein Genom-Assembly-Register – unterschieden von Sequenz- (ENA), Genomannotation- (Ensembl), Varianten- (ClinVar, dbVar) und Genexpressionsdatenbanken (GEO). Offene Daten von NCBI Assembly (Public Domain).

api.oanor.com/genomes-api

 Gene Expression API — oanor API marketplace

Gene Expression API

Funktionelle Genomik-Experimente als API — unterstützt von NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), dem größten öffentlichen Repository für Genexpressionsdaten. GEO archiviert Expressionsserien und kuratierte Datensätze aus Microarray- und Hochdurchsatz-Sequenzierungsexperimenten aller Organismen. Durchsuchen Sie Experimente nach Stichwort und optional nach Organismus, und rufen Sie jede Serie oder jeden Datensatz ab, um deren Metadaten zu erhalten: Titel, Zusammenfassung, Assay-Typ (Expressionsprofilierung durch Array oder durch Sequenzierung), Organismus, Anzahl der Proben, Plattform und die zugrunde liegende Publikation. Von β-Zell-Stress-Studien bis hin zur Krebs-Transkriptomik bei Mensch und Maus verwandelt es das GEO-Archiv in eine einfache Such- und Abruf-API für Transkriptomik, Bioinformatik und Forschungsdaten-Entdeckung. Ein Repository für Genexpressions-/funktionelle Genomik-Datensätze — abgegrenzt von Sequenz- (ENA), Varianten- (ClinVar, dbVar), Struktur- (PDB) und Ontologie-Datenbanken. Offene Daten von NCBI GEO (Public Domain).

api.oanor.com/geodatasets-api

Häufig gestellte Fragen

Schnelle Antworten zu Preisen, Kontingenten und Integration.

Wie bekomme ich einen API-Key für Rfam API?
Registriere dich kostenlos auf oanor.com, erstelle einen API-Key im Entwickler-Dashboard und rufe Rfam API mit dem x-oanor-key-Header auf. Keine Kreditkarte für den Free-Tier nötig.
Wie hoch ist das Rate-Limit für Rfam API?
Der Free-Tier erlaubt 1 Anfrage pro Sekunde. Bezahlte Pläne skalieren bis zu 50 Anfragen pro Sekunde im Mega-Tier. Harte Limits liefern HTTP 429 oberhalb der Quote — keine überraschenden Mehrkosten.
Was kostet Rfam API?
Rfam API hat einen Free-Tier mit 100 Calls / Monat. Bezahlte Pläne starten bei €6.40 / Monat mit höheren Kontingenten und schnelleren Rate-Limits.
Kann ich mein Abo jederzeit kündigen?
Ja. Pläne werden monatlich abgerechnet und du kannst jederzeit in deinem Billing-Dashboard kündigen. Keine Mindestlaufzeit und keine Kündigungsgebühr.
Ist Rfam API DSGVO-konform?
Alle Anfragen an Rfam API laufen über unser EU-Gateway. Dein Upstream-API-Key verlässt nie unseren Server und es werden keine personenbezogenen Daten an den Upstream-Anbieter weitergegeben außer der Anfrage selbst.

Wähle einen Endpoint aus der Liste links — Details und Playground erscheinen hier.

Code-Snippets

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curl https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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