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API de Rfam

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La base de datos Rfam de familias de ARN no codificante como una API, impulsada por EMBL-EBI. Rfam agrupa ARN funcionales que comparten un origen evolutivo común en familias, cada una modelada por un modelo de covarianza construido a partir de una alineación de semillas curada y una estructura secundaria. Busque las familias por nombre, descripción o tipo de ARN — riboswitches y otros elementos cis-reguladores, ribozimas, familias de microARN, ARN ribosómicos, ARN de transferencia, ARN nucleares pequeños y ARN nucleolares pequeños, ARN largos no codificantes y repeticiones directas CRISPR — obteniendo el acceso Rfam de cada familia, nombre, descripción, tipo de ARN y curadores; lea el registro completo de una familia, incluyendo su descripción, clasificación de tipo de ARN, los curadores que la construyeron, el número de secuencias en sus alineaciones completas y de semillas, la fuente de la estructura, el comentario del curador, el clan (grupo de familias relacionadas) al que pertenece y la versión de Rfam; y navegue por las familias según la clase de ARN. Ideal para biología de ARN, pipelines bioinformáticos, anotación de ARN no codificante, genómica comparativa y enseñanza. Los accesos de las familias se ven como RF00005 (ARN de transferencia). Datos de EMBL-EBI Rfam. Para familias y dominios de proteínas, consulte la API de InterPro, para secuencias de proteínas UniProt, para conjuntos de datos de proteómica PRIDE y para metabolómica MetaboLights.

#rfam #rna #non-coding-rna #riboswitch #ribozyme #bioinformatics #life-sciences
api.oanor.com/rfam-api
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/api/rfam-api/openapi.json
/api/rfam-api/llms.txt

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Otros APIs con etiquetas superpuestas.

API de Secuencia de ADN — oanor API marketplace

API de Secuencia de ADN

Matemáticas de análisis de secuencias de ADN/ARN como API, calculadas local y deterministicamente. El endpoint analyze informa la longitud y composición de bases de una secuencia, el contenido GC y AT, el complemento, la reversa y el complemento reverso (la hebra opuesta leída 5'→3'), y el peso molecular aproximado de cadena simple. El endpoint translate transcribe ADN a ARNm (T→U) y lo traduce a proteína con el código genético estándar en el marco de lectura 1, 2 o 3, dando la secuencia de aminoácidos en código de una letra, la longitud de la proteína y el número de codones de parada. El endpoint melting estima la temperatura de fusión de un cebador con la regla de Wallace, 4·(G+C) + 2·(A+T), para oligos cortos y una fórmula básica ajustada por sal para los más largos. Las secuencias no distinguen entre mayúsculas y minúsculas ni espacios en blanco y aceptan A, C, G, T para ADN o U para ARN. Todo se calcula local y deterministicamente, por lo que es instantáneo y privado. Ideal para desarrolladores de aplicaciones de bioinformática, biología molecular, genómica y laboratorio, herramientas de diseño de cebadores e inspección de secuencias, y educación en biología. Cálculo local puro — sin clave, sin servicio de terceros, instantáneo. En vivo, nada almacenado. 3 endpoints. Esto es análisis de secuencias; para datos de ensamblaje de genomas use una API de genomas.

api.oanor.com/dna-api

 API de Temperatura de Fusión del ADN — oanor API marketplace

API de Temperatura de Fusión del ADN

Matemáticas de ADN-oligo y PCR-primer como una API, calculadas local y determinísticamente. El endpoint tm calcula la temperatura de fusión de una secuencia de cebador de tres maneras: la regla de Wallace 2·(A+T) + 4·(G+C) para oligos cortos de hasta 13 nt, la fórmula GC de Marmur–Wallace 64.9 + 41·(nGC − 16.4)/N para los más largos, y la ajustada por sal 81.5 + 0.41·%GC − 675/N + 16.6·log10[Na+] para una concentración de sodio dada, y recomienda el método adecuado para la longitud — un ATGCATGC de ocho bases se funde a 24 °C según Wallace, un cebador de 20 bases con 50 % de GC a aproximadamente 51.8 °C según Marmur. El endpoint gc-content informa los porcentajes de GC y AT, los recuentos por base y el peso molecular de cadena sencilla. El endpoint reverse-complement devuelve el complemento, la reversa y el complemento reverso de una hebra. Las secuencias usan A/C/G/T (sin distinción de mayúsculas/minúsculas, se ignoran espacios en blanco) y [Na+] está en mol/L. Todo se calcula local y determinísticamente, por lo que es instantáneo y privado. Ideal para desarrolladores de aplicaciones de biología molecular, biotecnología, PCR, diseño de cebadores, bioinformática y automatización de laboratorio, calculadoras de oligos y cebadores, y software LIMS. Fórmulas de estimación para diseño de cebadores, no un sustituto de la termodinámica de vecinos más cercanos. Cálculo local puro — sin clave, sin servicio de terceros, instantáneo. En vivo, nada almacenado. 3 endpoints. Esto es temperatura de fusión de oligos; para frecuencias alélicas de genética de poblaciones use una API de genética.

api.oanor.com/dnamelt-api

 API de Ensamblajes Genómicos — oanor API marketplace

API de Ensamblajes Genómicos

Ensamblajes genómicos de referencia como una API — impulsada por NCBI Assembly, el registro de construcciones genómicas para organismos en todo el árbol de la vida. Busque ensamblajes por organismo (o texto libre) y consulte los metadatos de cualquier ensamblaje: su acceso (GCF_… RefSeq o GCA_… GenBank), nombre (ej. GRCh38.p14), organismo e ID de taxón, nivel de ensamblaje (genoma completo, cromosoma, andamio o contig), estadísticas de contigüidad (N50 de contig y andamio), cobertura de secuenciación, categoría RefSeq, nombres UCSC y Ensembl, la organización que lo envió, fecha de publicación y rutas de descarga FTP. Desde el genoma de referencia humano hasta cualquier microbio, planta o animal secuenciado, convierte el registro de ensamblajes genómicos en una API limpia de búsqueda y obtención. Un registro de ensamblajes genómicos — distinto de las bases de datos de secuencias (ENA), anotación genómica (Ensembl), variantes (ClinVar, dbVar) y expresión génica (GEO). Datos abiertos de NCBI Assembly (dominio público).

api.oanor.com/genomes-api

 API de Expresión Génica — oanor API marketplace

API de Expresión Génica

Experimentos de genómica funcional como una API — impulsada por NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), el repositorio público más grande de datos de expresión génica. GEO archiva series de expresión y conjuntos de datos curados de experimentos de microarreglos y secuenciación de alto rendimiento en todos los organismos. Busque experimentos por palabra clave y opcionalmente por organismo, y consulte cualquier serie o conjunto de datos para obtener sus metadatos: título, resumen, tipo de ensayo (perfil de expresión por microarreglo o por secuenciación), organismo, número de muestras, plataforma y la publicación detrás de él. Desde estudios de estrés de células β hasta transcriptómica del cáncer en humanos y ratones, convierte el archivo GEO en una API simple de búsqueda y obtención para transcriptómica, bioinformática y descubrimiento de datos de investigación. Un repositorio de conjuntos de datos de expresión génica / genómica funcional — distinto de las bases de datos de secuencia (ENA), variantes (ClinVar, dbVar), estructura (PDB) y ontología. Datos abiertos de NCBI GEO (dominio público).

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Preguntas frecuentes

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¿Cómo obtengo una clave API para API de Rfam?
Regístrate gratis en oanor.com, genera una clave API desde el panel de desarrollador y llama a API de Rfam con la cabecera x-oanor-key. No se necesita tarjeta de crédito para el plan gratuito.
¿Cuál es el límite de velocidad de API de Rfam?
El plan gratuito permite 1 solicitud por segundo. Los planes de pago escalan hasta 50 solicitudes por segundo en el nivel Mega. Los límites rígidos devuelven HTTP 429 por encima de la cuota — sin cargos sorpresa por exceso.
¿Cuánto cuesta API de Rfam?
API de Rfam ofrece un plan gratuito con 100 llamadas / mes. Los planes de pago empiezan en €6.40 / mes con cuotas más altas y límites de tasa más rápidos.
¿Puedo cancelar mi suscripción en cualquier momento?
Sí. Los planes se facturan mensualmente y puedes cancelar en cualquier momento desde el panel de facturación. Sin contratos a largo plazo ni penalización por cancelación.
¿Cumple API de Rfam con el RGPD?
Todas las solicitudes a API de Rfam pasan por nuestra pasarela en la UE. Tu clave API upstream nunca sale de nuestro servidor y no se comparten datos personales con el proveedor upstream más allá de la solicitud enviada.

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curl https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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