#rna

DNA/RNA-Sequenzanalyse-Mathematik als API, lokal und deterministisch berechnet. Der Analyze-Endpunkt meldet die Länge und Basenzusammensetzung einer Sequenz, den GC- und AT-Gehalt, das Komplement, das Reverse und das reverse Komplement (der gegenüberliegende Strang gelesen 5'→3') sowie das ungefähre einzelsträngige Molekulargewicht. Der Translate-Endpunkt transkribiert DNA zu mRNA (T→U) und übersetzt sie mit dem Standard-Gencode in Leserahmen 1, 2 oder 3 in Protein, wobei die Ein-Buchstaben-Aminosäuresequenz, die Proteinlänge und die Anzahl der Stopp-Codons angegeben werden. Der Melting-Endpunkt schätzt die Schmelztemperatur eines Primers mit der Wallace-Regel, 4·(G+C) + 2·(A+T), für kurze Oligos und einer salzangepassten Grundformel für längere. Sequenzen sind Groß-/Kleinschreibungs- und Leerzeichen-unempfindlich und akzeptieren A, C, G, T für DNA oder U für RNA. Alles wird lokal und deterministisch berechnet, daher ist es sofort und privat. Ideal für Bioinformatik, Molekularbiologie, Genomik und Entwickler von Labor-Apps, Primer-Design- und Sequenzinspektionswerkzeuge sowie Biologieunterricht. Reine lokale Berechnung – kein Schlüssel, kein Drittanbieterdienst, sofort. Live, nichts gespeichert. 3 Endpunkte. Dies ist Sequenzanalyse; für Genomassemblierungsdaten verwenden Sie eine Genom-API.

api.oanor.com/dna-api

Die Rfam-Datenbank nicht-codierender RNA-Familien als API, bereitgestellt von EMBL-EBI. Rfam gruppiert funktionelle RNAs, die einen gemeinsamen evolutionären Ursprung haben, in Familien, die jeweils durch ein Kovarianzmodell modelliert werden, das aus einem kuratierten Seed-Alignment und einer Sekundärstruktur erstellt wurde. Durchsuchen Sie die Familien nach Name, Beschreibung oder RNA-Typ — Riboschalter und andere cis-regulatorische Elemente, Ribozyme, microRNA-Familien, ribosomale RNAs, Transfer-RNAs, kleine nukleäre und kleine nukleoläre RNAs, lange nicht-codierende RNAs und CRISPR-Direct-Repeats — und erhalten Sie die Rfam-Accession, den Namen, die Beschreibung, den RNA-Typ und die Kuratoren jeder Familie; lesen Sie den vollständigen Eintrag einer Familie einschließlich ihrer Beschreibung, RNA-Typ-Klassifizierung, der Kuratoren, die sie erstellt haben, der Anzahl der Sequenzen in ihren vollständigen und Seed-Alignments, der Strukturquelle, des Kuratorenkommentars, des Clans (Gruppe verwandter Familien), zu dem sie gehört, und der Rfam-Version; und durchsuchen Sie die Familien nach RNA-Klasse. Ideal für RNA-Biologie, Bioinformatik-Pipelines, Annotation nicht-codierender RNAs, vergleichende Genomik und Lehre. Familien-Accessions sehen aus wie RF00005 (Transfer-RNA). Daten von EMBL-EBI Rfam. Für Proteinfamilien und -domänen siehe die InterPro API, für Proteinsequenzen UniProt, für Proteomik-Datensätze PRIDE und für Metabolomik MetaboLights.

api.oanor.com/rfam-api