#rna

Μαθηματικά ανάλυσης αλληλουχίας DNA/RNA ως API, υπολογισμένα τοπικά και ντετερμινιστικά. Το τελικό σημείο analyze αναφέρει το μήκος και τη σύνθεση βάσεων μιας αλληλουχίας, την περιεκτικότητα GC και AT, το συμπλήρωμα, το αντίστροφο και το αντίστροφο συμπλήρωμα (το αντίθετο νήμα που διαβάζεται 5'→3'), και το κατά προσέγγιση μοριακό βάρος μονής αλυσίδας. Το τελικό σημείο translate μεταγράφει DNA σε mRNA (T→U) και το μεταφράζει σε πρωτεΐνη με τον τυπικό γενετικό κώδικα στο πλαίσιο ανάγνωσης 1, 2 ή 3, δίνοντας την αλληλουχία αμινοξέων με ένα γράμμα, το μήκος πρωτεΐνης και τον αριθμό των κωδικονίων λήξης. Το τελικό σημείο melting εκτιμά τη θερμοκρασία τήξης ενός εκκινητή με τον κανόνα Wallace, 4·(G+C) + 2·(A+T), για μικρά ολιγονουκλεοτίδια και έναν βασικό τύπο προσαρμοσμένο σε άλατα για μεγαλύτερα. Οι αλληλουχίες δεν κάνουν διάκριση πεζών-κεφαλαίων και κενών και δέχονται A, C, G, T για DNA ή U για RNA. Όλα υπολογίζονται τοπικά και ντετερμινιστικά, επομένως είναι άμεσα και ιδιωτικά. Ιδανικό για βιοπληροφορική, μοριακή βιολογία, γονιδιωματική και προγραμματιστές εργαστηριακών εφαρμογών, εργαλεία σχεδιασμού εκκινητών και επιθεώρησης αλληλουχιών, και εκπαίδευση βιολογίας. Καθαρός τοπικός υπολογισμός — χωρίς κλειδί, χωρίς υπηρεσία τρίτου μέρους, άμεσο. Ζωντανό, τίποτα δεν αποθηκεύεται. 3 τελικά σημεία. Αυτή είναι ανάλυση αλληλουχίας· για δεδομένα συναρμολόγησης γονιδιώματος χρησιμοποιήστε ένα API γονιδιωμάτων.

api.oanor.com/dna-api

Η βάση δεδομένων Rfam οικογενειών μη-κωδικοποιητικών RNA ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI. Το Rfam ομαδοποιεί λειτουργικά RNA που μοιράζονται μια κοινή εξελικτική προέλευση σε οικογένειες, κάθε μία από τις οποίες μοντελοποιείται από ένα μοντέλο συνδιακύμανσης που βασίζεται σε μια επιμελημένη στοίχιση σπόρων και δευτεροταγή δομή. Αναζητήστε τις οικογένειες με όνομα, περιγραφή ή τύπο RNA — ριβοδιακόπτες και άλλα ρυθμιστικά στοιχεία cis, ριβοένζυμα, οικογένειες microRNA, ριβοσωμικά RNA, μεταφορικά RNA, μικρά πυρηνικά και μικρά πυρηνιδιακά RNA, μακρά μη-κωδικοποιητικά RNA και άμεσες επαναλήψεις CRISPR — λαμβάνοντας για κάθε οικογένεια το αναγνωριστικό Rfam, το όνομα, την περιγραφή, τον τύπο RNA και τους επιμελητές· διαβάστε την πλήρη εγγραφή μιας οικογένειας συμπεριλαμβανομένης της περιγραφής της, της ταξινόμησης τύπου RNA, των επιμελητών που την κατασκεύασαν, του αριθμού αλληλουχιών στις πλήρεις και σπορ στοιχίσεις, της πηγής δομής, του σχολίου του επιμελητή, της ομάδας (clan) στην οποία ανήκει και της έκδοσης Rfam· και περιηγηθείτε στις οικογένειες ανά κατηγορία RNA. Ιδανικό για βιολογία RNA, βιοπληροφορικές ροές εργασίας, σχολιασμό μη-κωδικοποιητικών RNA, συγκριτική γονιδιωματική και διδασκαλία. Τα αναγνωριστικά οικογενειών μοιάζουν με RF00005 (μεταφορικό RNA). Δεδομένα από το EMBL-EBI Rfam. Για οικογένειες και τομείς πρωτεϊνών δείτε το API InterPro, για πρωτεϊνικές αλληλουχίες το UniProt, για σύνολα δεδομένων πρωτεομικής το PRIDE και για μεταβολομική το MetaboLights.

api.oanor.com/rfam-api