#dna

Calculs d'ADN-oligo et d'amorce PCR sous forme d'API, calculés localement et de manière déterministe. Le point de terminaison tm calcule la température de fusion d'une séquence d'amorce de trois manières : la règle de Wallace 2·(A+T) + 4·(G+C) pour les oligos courts jusqu'à 13 nt, la formule GC de Marmur–Wallace 64.9 + 41·(nGC − 16.4)/N pour les plus longs, et la formule ajustée au sel 81.5 + 0.41·%GC − 675/N + 16.6·log10[Na+] pour une concentration de sodium donnée, et recommande la méthode appropriée pour la longueur — un ATGCATGC de huit bases fond à 24 °C selon Wallace, une amorce de 20 bases à 50 % de GC à environ 51.8 °C selon Marmur. Le point de terminaison gc-content rapporte les pourcentages GC et AT, les comptes par base et le poids moléculaire simple brin. Le point de terminaison reverse-complement renvoie le complément, l'inverse et le complément inverse d'un brin. Les séquences utilisent A/C/G/T (insensible à la casse, les espaces ignorés) et [Na+] est en mol/L. Tout est calculé localement et de manière déterministe, donc instantané et privé. Idéal pour les développeurs d'applications en biologie moléculaire, biotechnologie, PCR, conception d'amorces, bioinformatique et automatisation de laboratoire, les calculateurs d'oligo et d'amorce, et les logiciels LIMS. Formules d'estimation pour la conception d'amorces, ne remplace pas la thermodynamique des plus proches voisins. Calcul local pur — pas de clé, pas de service tiers, instantané. En direct, rien n'est stocké. 3 points de terminaison. Ceci est la température de fusion des oligos ; pour les fréquences alléliques en génétique des populations, utilisez une API de génétique.

api.oanor.com/dnamelt-api

Mathématiques d'analyse de séquences ADN/ARN sous forme d'API, calculées localement et de manière déterministe. Le point de terminaison analyze rapporte la longueur et la composition en bases d'une séquence, le contenu GC et AT, le complément, l'inverse et le complément inverse (le brin opposé lu 5'→3'), et le poids moléculaire approximatif simple brin. Le point de terminaison translate transcrit l'ADN en ARNm (T→U) et le traduit en protéine avec le code génétique standard dans le cadre de lecture 1, 2 ou 3, donnant la séquence d'acides aminés en une lettre, la longueur de la protéine et le nombre de codons stop. Le point de terminaison melting estime la température de fusion d'une amorce avec la règle de Wallace, 4·(G+C) + 2·(A+T), pour les oligos courts et une formule de base ajustée au sel pour les plus longs. Les séquences sont insensibles à la casse et aux espaces et acceptent A, C, G, T pour l'ADN ou U pour l'ARN. Tout est calculé localement et de manière déterministe, donc instantané et privé. Idéal pour la bioinformatique, la biologie moléculaire, la génomique et les développeurs d'applications de laboratoire, les outils de conception d'amorces et d'inspection de séquences, et l'enseignement de la biologie. Calcul local pur — pas de clé, pas de service tiers, instantané. En direct, rien n'est stocké. 3 points de terminaison. Ceci est une analyse de séquence ; pour les données d'assemblage de génome, utilisez une API génomes.

api.oanor.com/dna-api

La base de données du génome Ensembl sous forme d'API, propulsée par le service REST officiel d'Ensembl de l'EMBL-EBI. Recherchez n'importe quel gène par symbole ou identifiant stable Ensembl pour son biotype, sa localisation génomique, son brin, sa description et ses transcrits ; résolvez n'importe quelle caractéristique (gène, transcrit, exon) par identifiant stable ; récupérez les références croisées de bases de données externes ; extrayez les variants de séquence par rsID avec leurs allèles, la conséquence la plus grave, la fréquence de l'allèle mineur, la signification clinique et les correspondances génomiques ; listez les gènes, transcrits, exons, variations ou répétitions chevauchant n'importe quelle région génomique ; récupérez les séquences génomiques, ADNc, CDS ou protéiques par identifiant ; et lisez les métadonnées d'assemblage du génome, y compris le caryotype et les longueurs des chromosomes. Pour l'humain, la souris et plus de 300 espèces de vertébrés. Idéal pour les pipelines bioinformatiques, les navigateurs de génome et les outils d'annotation de variants, les applications de recherche en génétique, les tableaux de bord de génomique clinique et les chatbots en sciences de la vie.

api.oanor.com/ensembl-api