#taxonomy

L'arbre de la vie en tant qu'API — propulsé par l'Open Tree of Life, le projet qui unifie les arbres phylogénétiques et les taxonomies publiés en un seul arbre synthétique couvrant environ 2,3 millions d'espèces nommées. Résolvez tout nom scientifique en son taxon canonique et son identifiant OTT (Open Tree Taxonomy) (référencé de manière croisée avec NCBI, GBIF et d'autres sources) ; lisez la classification d'un taxon et sa lignée complète d'ancêtres jusqu'à l'arbre (genre, famille, ordre, classe, …) ; et calculez l'ancêtre commun le plus récent (MRCA) de tout ensemble d'espèces — le cœur de la biologie comparative et des questions « à quel point ces organismes sont-ils apparentés ? ». De l'Homo sapiens et des grands singes à toute branche des plantes, champignons, animaux et microbes, c'est idéal pour la biologie, l'évolution, l'écologie, l'éducation et les outils bioinformatiques. Une référence en arbre évolutif / phylogénétique — distincte des données d'occurrence d'espèces (biodiversité / GBIF), de la taxonomie marine (WoRMS) et des bases de données de séquences. Données ouvertes du projet Open Tree of Life (CC0).

api.oanor.com/opentol-api

Le Registre mondial des espèces marines (WoRMS) sous forme d'API — le registre taxonomique faisant autorité et expertement organisé de la vie marine mondiale, maintenu par un réseau mondial de taxonomistes. WoRMS fournit les noms scientifiques acceptés, les autorités de dénomination, le statut taxonomique et la synonymie, la classification complète et les noms vernaculaires (communs) des espèces marines. /v1/search?name=Orcinus orca recherche des espèces par nom scientifique (définissez fuzzy=true pour une correspondance partielle, marine_only=true pour limiter aux taxons marins), renvoyant pour chaque correspondance l'AphiaID (identifiant stable de WoRMS), le nom accepté, l'autorité, le rang, le statut taxonomique, le nom valide et la classification supérieure. /v1/species?id=137102 renvoie l'enregistrement complet d'une espèce par AphiaID — nom et autorité, statut, classification du règne au genre, indicateurs marin et saumâtre, et citation. /v1/classification?id=137102 renvoie l'arbre taxonomique complet de Biota jusqu'au taxon, rang par rang. /v1/vernaculars?id=137102 renvoie les noms communs avec leur langue. Obtenez un AphiaID à partir de /v1/search, puis consultez ses détails, son arbre ou ses noms communs. Idéal pour la biologie marine, les sciences halieutiques, l'écologie, l'aquaculture et l'harmonisation des données sur la biodiversité. Données provenant de WoRMS (CC BY). Il s'agit d'une taxonomie et d'une nomenclature marines faisant autorité — distinctes des bases de données d'occurrence d'espèces/de biodiversité (telles que GBIF) et des bases de données de séquences ou de génomes.

api.oanor.com/worms-api

La base de connaissances protéiques UniProt sous forme d'API, propulsée par le service REST officiel d'UniProt, organisé par EMBL-EBI, SIB et PIR. Recherchez n'importe quelle protéine par son accession UniProt pour obtenir les noms de protéines et de gènes, l'organisme, la longueur, la masse, la fonction, les mots-clés, les termes Gene Ontology (GO) et les structures 3D PDB liées ; effectuez des recherches en texte intégral de protéines filtrées par organisme (identifiant taxonomique NCBI) et par statut de révision Swiss-Prot ; récupérez les séquences d'acides aminés avec FASTA, le poids moléculaire et la somme de contrôle CRC64 ; listez les caractéristiques de séquence telles que les peptides signaux, les chaînes, les domaines, les sites actifs et de liaison, les résidus modifiés et les variants naturels, avec une répartition par type ; résolvez les nœuds de taxonomie NCBI avec leur lignée complète ; et extrayez les protéomes de référence avec les comptes de protéines et les identifiants d'assemblage du génome. Dans tous les règnes du vivant, de l'humain aux bactéries. Idéal pour les pipelines bioinformatiques, les outils de découverte de médicaments et de protéomique, les tableaux de bord d'analyse de séquences, les applications de recherche académique et les chatbots en sciences de la vie.

api.oanor.com/uniprot-api

Faites correspondre les noms scientifiques ou communs d'espèces au référentiel taxonomique GBIF (du règne à l'espèce), recherchez dans le catalogue mondial des espèces, récupérez des enregistrements taxonomiques complets avec les noms vernaculaires et obtenez des observations d'occurrences géolocalisées. Idéal pour les applications sur la nature, l'éducation, la recherche, la conservation et les sciences citoyennes.

api.oanor.com/biodiversity-api