#taxonomy

De levensboom als API — aangedreven door de Open Tree of Life, het project dat gepubliceerde fylogenetische bomen en taxonomieën verenigt in één enkele synthetische boom die ongeveer 2,3 miljoen genoemde soorten omvat. Los elke wetenschappelijke naam op naar zijn canonieke taxon en Open Tree Taxonomy (OTT) id (gecrossrefereerd naar NCBI, GBIF en andere bronnen); lees de classificatie en volledige afstamming van voorouders van een taxon in de boom (geslacht, familie, orde, klasse, …); en bereken de meest recente gemeenschappelijke voorouder (MRCA) van elke set soorten — de kern van vergelijkende biologie en vragen als "hoe verwant zijn deze organismen?". Van Homo sapiens en de mensapen tot elke tak van planten, schimmels, dieren en microben, het is ideaal voor biologie, evolutie, ecologie, onderwijs en bioinformatica-tools. Een evolutionaire-boom / fylogenetische referentie — anders dan soortvoorkomensgegevens (biodiversiteit / GBIF), mariene taxonomie (WoRMS) en sequentiedatabases. Open data van het Open Tree of Life project (CC0).

api.oanor.com/opentol-api

Het World Register of Marine Species (WoRMS) als API — de gezaghebbende, door experts samengestelde taxonomische registratie van het wereldwijde zeeleven, onderhouden door een wereldwijd netwerk van taxonomen. WoRMS biedt de geaccepteerde wetenschappelijke namen, naamgevende autoriteiten, taxonomische status en synoniemen, volledige classificatie en volksnamen (triviale namen) voor mariene soorten. /v1/search?name=Orcinus orca zoekt soorten op wetenschappelijke naam (zet fuzzy=true voor gedeeltelijke overeenkomst, marine_only=true om te beperken tot mariene taxa), en retourneert voor elke overeenkomst de AphiaID (de stabiele identificatie van WoRMS), geaccepteerde naam, autoriteit, rang, taxonomische status, geldige naam en hogere classificatie. /v1/species?id=137102 retourneert het volledige record van een soort op AphiaID — naam en autoriteit, status, de classificatie van koninkrijk tot geslacht, mariene en brakwater-vlaggen, en citatie. /v1/classification?id=137102 retourneert de volledige taxonomische boom van Biota tot aan het taxon, rang voor rang. /v1/vernaculars?id=137102 retourneert de volksnamen met hun taal. Verkrijg een AphiaID van /v1/search, en zoek vervolgens de details, boom of volksnamen op. Ideaal voor mariene biologie, visserijwetenschap, ecologie, aquacultuur en harmonisatie van biodiversiteitsgegevens. Gegevens van WoRMS (CC BY). Dit is gezaghebbende mariene taxonomie en nomenclatuur — verschillend van soortenvoorkomens-/biodiversiteitsdatabases (zoals GBIF) en van sequentie- of genoomdatabases.

api.oanor.com/worms-api

De UniProt-eiwitkennisdatabase als een API, aangedreven door de officiële UniProt REST-service, samengesteld door EMBL-EBI, SIB en PIR. Zoek elk eiwit op via zijn UniProt-toegangsnummer voor eiwit- en gennamen, organisme, lengte, massa, functie, trefwoorden, Gene Ontology (GO)-termen en gekoppelde PDB 3D-structuren; voer full-text eiwitzoekopdrachten uit, gefilterd op organisme (NCBI-taxon-id) en Swiss-Prot-beoordelingsstatus; haal aminozuursequenties op met FASTA, molecuulgewicht en CRC64-checksum; vermeld sequentiekenmerken zoals signaalpeptiden, ketens, domeinen, actieve en bindingsplaatsen, gemodificeerde residuen en natuurlijke varianten, met een uitsplitsing per type; los NCBI-taxonomieknooppunten op met hun volledige afstamming; en haal referentieproteomen op met eiwitaantallen en genoomassemblage-ID's. Over alle rijken van het leven, van mens tot bacterie. Ideaal voor bioinformatica-pijplijnen, geneesmiddelenontdekking en proteomicatools, sequentieanalyse-dashboards, academische onderzoeksapps en levenswetenschap-chatbots.

api.oanor.com/uniprot-api

Match wetenschappelijke of algemene soortnamen aan de GBIF taxonomische backbone (koninkrijk tot soort), doorzoek de wereldwijde soorten catalogus, haal volledige taxon records op met volkse namen, en verkrijg geolokaliseerde waarnemingen. Ideaal voor natuur-, onderwijs-, onderzoek-, natuurbehoud- en burgerwetenschapsapps.

api.oanor.com/biodiversity-api