#taxonomy

Το δέντρο της ζωής ως API — υποστηρίζεται από το Open Tree of Life, το έργο που ενοποιεί δημοσιευμένα φυλογενετικά δέντρα και ταξινομίες σε ένα ενιαίο συνθετικό δέντρο που καλύπτει περίπου 2,3 εκατομμύρια ονομασμένα είδη. Επιλύστε οποιοδήποτε επιστημονικό όνομα στο κανονικό του ταξινομικό και στο αναγνωριστικό OTT (Open Tree Taxonomy) (διασταυρούμενο με NCBI, GBIF και άλλες πηγές)· διαβάστε την ταξινόμηση ενός ταξινομικού και την πλήρη γενεαλογία των προγόνων του προς τα πάνω στο δέντρο (γένος, οικογένεια, τάξη, κλάση, …)· και υπολογίστε τον πιο πρόσφατο κοινό πρόγονο (MRCA) οποιουδήποτε συνόλου ειδών — η καρδιά της συγκριτικής βιολογίας και των ερωτήσεων «πόσο συγγενικοί είναι αυτοί οι οργανισμοί;». Από τον Homo sapiens και τους μεγάλους πιθήκους έως οποιοδήποτε κλάδο φυτών, μυκήτων, ζώων και μικροβίων, είναι ιδανικό για βιολογία, εξέλιξη, οικολογία, εκπαίδευση και εργαλεία βιοπληροφορικής. Μια αναφορά εξελικτικού δέντρου / φυλογενετικής — διακριτή από δεδομένα παρουσίας ειδών (βιοποικιλότητα / GBIF), θαλάσσια ταξινομία (WoRMS) και βάσεις δεδομένων αλληλουχιών. Ανοιχτά δεδομένα από το έργο Open Tree of Life (CC0).

api.oanor.com/opentol-api

Το Παγκόσμιο Μητρώο Θαλάσσιων Ειδών (WoRMS) ως API — η έγκυρη, επιμελημένη από ειδικούς ταξινομική καταγραφή της θαλάσσιας ζωής του κόσμου, που διατηρείται από ένα παγκόσμιο δίκτυο ταξινομιστών. Το WoRMS παρέχει τα αποδεκτά επιστημονικά ονόματα, τις ονομασίες αρχών, την ταξινομική κατάσταση και συνωνυμία, την πλήρη ταξινόμηση και τα κοινά (λαϊκά) ονόματα για θαλάσσια είδη. Το /v1/search?name=Orcinus orca αναζητά είδη με επιστημονικό όνομα (ορίστε fuzzy=true για μερική αντιστοίχιση, marine_only=true για περιορισμό σε θαλάσσια taxa), επιστρέφοντας για κάθε αντιστοιχία το AphiaID (σταθερό αναγνωριστικό του WoRMS), το αποδεκτό όνομα, την αρχή, την κατάταξη, την ταξινομική κατάσταση, το έγκυρο όνομα και την ανώτερη ταξινόμηση. Το /v1/species?id=137102 επιστρέφει την πλήρη εγγραφή ενός είδους με βάση το AphiaID — όνομα και αρχή, κατάσταση, την ταξινόμηση από βασίλειο έως γένος, σημαίες θαλάσσιου και υφάλμυρου, και παραπομπή. Το /v1/classification?id=137102 επιστρέφει το πλήρες ταξινομικό δέντρο από το Biota μέχρι το taxon, κατάταξη προς κατάταξη. Το /v1/vernaculars?id=137102 επιστρέφει τα κοινά ονόματα με τη γλώσσα τους. Λάβετε ένα AphiaID από το /v1/search και στη συνέχεια αναζητήστε τις λεπτομέρειές του, το δέντρο ή τα κοινά ονόματα. Ιδανικό για θαλάσσια βιολογία, αλιευτική επιστήμη, οικολογία, υδατοκαλλιέργεια και εναρμόνιση δεδομένων βιοποικιλότητας. Δεδομένα από WoRMS (CC BY). Πρόκειται για έγκυρη θαλάσσια ταξινομία και ονοματολογία — διακριτή από βάσεις δεδομένων εμφάνισης ειδών/βιοποικιλότητας (όπως GBIF) και από βάσεις δεδομένων αλληλουχιών ή γονιδιωμάτων.

api.oanor.com/worms-api

Η βάση γνώσης πρωτεϊνών UniProt ως API, που υποστηρίζεται από την επίσημη υπηρεσία REST UniProt που επιμελούνται οι EMBL-EBI, SIB και PIR. Αναζητήστε οποιαδήποτε πρωτεΐνη με το αναγνωριστικό UniProt για ονόματα πρωτεϊνών και γονιδίων, οργανισμό, μήκος, μάζα, λειτουργία, λέξεις-κλειδιά, όρους Gene Ontology (GO) και συνδεδεμένες τρισδιάστατες δομές PDB· εκτελέστε αναζητήσεις πλήρους κειμένου πρωτεϊνών φιλτραρισμένες ανά οργανισμό (αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI) και κατάσταση αναθεώρησης Swiss-Prot· λάβετε αλληλουχίες αμινοξέων με FASTA, μοριακό βάρος και άθροισμα ελέγχου CRC64· καταγράψτε χαρακτηριστικά αλληλουχίας όπως πεπτίδια σήματος, αλυσίδες, τομείς, ενεργές θέσεις και θέσεις δέσμευσης, τροποποιημένα κατάλοιπα και φυσικές παραλλαγές, με ανάλυση ανά τύπο· επιλύστε κόμβους ταξινομίας NCBI με την πλήρη γενεαλογία τους· και αντλήστε πρωτεώματα αναφοράς με μετρήσεις πρωτεϊνών και αναγνωριστικά συναρμολόγησης γονιδιώματος. Σε όλα τα βασίλεια της ζωής, από τον άνθρωπο έως τα βακτήρια. Ιδανικό για βιοπληροφορικές σωληνώσεις, εργαλεία ανακάλυψης φαρμάκων και πρωτεωμικής, πίνακες ελέγχου ανάλυσης αλληλουχιών, εφαρμογές ακαδημαϊκής έρευνας και chatbots επιστημών ζωής.

api.oanor.com/uniprot-api

Αντιστοιχίστε επιστημονικά ή κοινά ονόματα ειδών με την ταξινομική βάση GBIF (από βασίλειο έως είδος), αναζητήστε τον παγκόσμιο κατάλογο ειδών, λάβετε πλήρεις εγγραφές taxa με λαϊκές ονομασίες και ανακτήστε γεωτοποθετημένες παρατηρήσεις εμφάνισης. Ιδανικό για εφαρμογές φύσης, εκπαίδευσης, έρευνας, διατήρησης και επιστήμης πολιτών.

api.oanor.com/biodiversity-api