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InterPro API

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Protein families, domains and functional sites as an API, powered by the EBI InterPro database. InterPro classifies proteins into families and identifies the domains, repeats and important sites they contain, by combining the predictive signatures of many member databases (Pfam, SMART, PROSITE, CDD, PANTHER, SUPERFAMILY, NCBIfam and more) into a single integrated resource. Look up an InterPro entry — a family, domain, repeat, conserved/binding/active site or post-translational modification — with its description, Gene Ontology terms and the member-database signatures that define it; search entries by name and type; read a protein's metadata; and, most usefully, list the InterPro entries found on a protein together with their start–end positions, so you can see a protein's domain architecture. Ideal for protein annotation and function prediction, comparative genomics, structural-biology and bioinformatics pipelines, and research and teaching tools. Entry ids are IPR followed by six digits; protein ids are UniProt accessions. Data from EMBL-EBI.

#interpro #protein-domains #protein-families #bioinformatics #annotation #pfam #life-sciences
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API de Temperatura de Fusão do DNA — oanor API marketplace

API de Temperatura de Fusão do DNA

Matemática de DNA-oligo e PCR-primer como uma API, computada local e deterministicamente. O endpoint tm calcula a temperatura de fusão de uma sequência de primer de três maneiras: a regra de Wallace 2·(A+T) + 4·(G+C) para oligos curtos de até 13 nt, a fórmula GC de Marmur–Wallace 64.9 + 41·(nGC − 16.4)/N para sequências mais longas, e a ajustada por sal 81.5 + 0.41·%GC − 675/N + 16.6·log10[Na+] para uma dada concentração de sódio, e recomenda o método correto para o comprimento — um ATGCATGC de oito bases derrete a 24 °C por Wallace, um primer de 20 bases com 50% GC a cerca de 51.8 °C por Marmur. O endpoint gc-content relata as porcentagens de GC e AT, as contagens por base e o peso molecular de fita simples. O endpoint reverse-complement retorna o complemento, o reverso e o complemento reverso de uma fita. As sequências usam A/C/G/T (insensível a maiúsculas/minúsculas, espaços em branco ignorados) e [Na+] está em mol/L. Tudo é computado local e deterministicamente, então é instantâneo e privado. Ideal para desenvolvedores de aplicativos de biologia molecular, biotecnologia, PCR, design de primers, bioinformática e automação de laboratório, calculadoras de oligo e primer, e software LIMS. Fórmulas de estimativa para design de primers, não um substituto para a termodinâmica de vizinhos mais próximos. Computação puramente local — sem chave, sem serviço de terceiros, instantâneo. Ao vivo, nada armazenado. 3 endpoints. Esta é a temperatura de fusão de oligo; para frequências alélicas de genética populacional, use uma API de genética.

api.oanor.com/dnamelt-api

 API de Sequência de DNA — oanor API marketplace

API de Sequência de DNA

Matemática de análise de sequências de DNA/RNA como uma API, computada local e deterministicamente. O endpoint analyze relata o comprimento e a composição de bases de uma sequência, o conteúdo GC e AT, o complemento, o reverso e o complemento reverso (a fita oposta lida 5'→3'), e o peso molecular aproximado de fita simples. O endpoint translate transcreve DNA para mRNA (T→U) e o traduz para proteína com o código genético padrão no quadro de leitura 1, 2 ou 3, fornecendo a sequência de aminoácidos em código de uma letra, o comprimento da proteína e o número de códons de parada. O endpoint melting estima a temperatura de melting de um primer com a regra de Wallace, 4·(G+C) + 2·(A+T), para oligonucleotídeos curtos e uma fórmula básica ajustada por sal para os mais longos. As sequências são insensíveis a maiúsculas/minúsculas e espaços em branco e aceitam A, C, G, T para DNA ou U para RNA. Tudo é computado local e deterministicamente, portanto é instantâneo e privado. Ideal para bioinformática, biologia molecular, genômica e desenvolvedores de aplicativos de laboratório, ferramentas de design de primers e inspeção de sequências, e educação em biologia. Computação puramente local — sem chave, sem serviço de terceiros, instantâneo. Ao vivo, nada armazenado. 3 endpoints. Esta é análise de sequência; para dados de montagem de genoma, use uma API de genomas.

api.oanor.com/dna-api

 Genome Assemblies API — oanor API marketplace

Genome Assemblies API

Reference genome assemblies as an API — powered by NCBI Assembly, the registry of genome builds for organisms across the tree of life. Search assemblies by organism (or free text) and look up any assembly's metadata: its accession (GCF_… RefSeq or GCA_… GenBank), name (e.g. GRCh38.p14), organism and taxon id, assembly level (complete genome, chromosome, scaffold or contig), contiguity statistics (contig and scaffold N50), sequencing coverage, RefSeq category, UCSC and Ensembl names, the submitting organization, release date and FTP download paths. From the human reference genome to any sequenced microbe, plant or animal, it turns the genome-assembly registry into a clean search-and-fetch API. A genome-assembly registry — distinct from sequence (ENA), genome annotation (Ensembl), variant (ClinVar, dbVar) and gene-expression (GEO) databases. Open data from NCBI Assembly (public domain).

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 Gene Expression API — oanor API marketplace

Gene Expression API

Functional-genomics experiments as an API — powered by NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), the largest public repository of gene-expression data. GEO archives expression series and curated datasets from microarray and high-throughput-sequencing experiments across every organism. Search experiments by keyword and optionally by organism, and look up any series or dataset to get its metadata: title, summary, assay type (expression profiling by array or by sequencing), organism, number of samples, platform and the publication behind it. From β-cell stress studies to cancer transcriptomics across human and mouse, it turns the GEO archive into a simple search-and-fetch API for transcriptomics, bioinformatics and research-data discovery. A gene-expression / functional-genomics dataset repository — distinct from sequence (ENA), variant (ClinVar, dbVar), structure (PDB) and ontology databases. Open data from NCBI GEO (public domain).

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Domande frequenti

Risposte rapide su prezzi, quote e integrazione.

Come ottengo una chiave API per InterPro API?
Registrati gratuitamente su oanor.com, genera una chiave API dalla dashboard sviluppatore e chiama InterPro API con l'header x-oanor-key. Nessuna carta di credito richiesta per il piano gratuito.
Qual è il limite di velocità di InterPro API?
Il piano gratuito consente 1 richiesta al secondo. I piani a pagamento arrivano fino a 50 richieste al secondo nel piano Mega. I limiti rigorosi restituiscono HTTP 429 oltre la quota — nessuna spesa imprevista.
Quanto costa InterPro API?
InterPro API ha un piano gratuito con 100 chiamate / mese. I piani a pagamento partono da €6.95 / mese con quote più alte e limiti di velocità più rapidi.
Posso cancellare l'abbonamento in qualsiasi momento?
Sì. I piani sono fatturati mensilmente e puoi cancellare in qualsiasi momento dalla dashboard di fatturazione. Nessun contratto a lungo termine e nessuna penale di cancellazione.
InterPro API è conforme al GDPR?
Tutte le richieste a InterPro API passano attraverso il nostro gateway in UE. La tua chiave upstream non lascia mai il nostro server e nessun dato personale viene condiviso con il fornitore upstream oltre alla richiesta inviata.

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curl https://api.oanor.com/interpro-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/interpro-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/interpro-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/interpro-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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