#biomedical

De EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) als een API — een enkel toegangspunt tot meer dan 280 biomedische en wetenschappelijke ontologieën en gecontroleerde vocabularia op één plek: de Gene Ontology (GO), de Human Disease Ontology (DOID), de Human Phenotype Ontology (HP), ChEBI (chemische entiteiten), Uberon (anatomie), de Experimental Factor Ontology (EFO), Mondo, NCIt en vele andere. /v1/search?q=diabetes doorzoekt termen in alle ontologieën (of beperk tot één met ontology=doid), en retourneert voor elke overeenkomst het label, OBO-id (zoals DOID:9351 of GO:0008150), ontologie, IRI en een korte definitie. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 retourneert de details van één term — het label, de definitie, IRI, synoniemen en of deze verouderd is. /v1/ontologies bladert door de beschikbare ontologieën met hun id, titel, beschrijving en aantal termen. OBO-id's zien eruit als DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 of CHEBI:15377. Ideaal voor biomedische natuurlijke-taalverwerking, gegevensannotatie en -harmonisatie, automatisch aanvullen van wetenschappelijke terminologie, en semantische en kennisgraaf-tooling. Gegevens van EMBL-EBI OLS (open). Dit is een algemene ontologie / gecontroleerd-vocabularium-opzoeking die vele domeinen bestrijkt — breder dan een enkele medische thesaurus zoals MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Medical Subject Headings (MeSH) als API, aangedreven door de officiële MeSH RDF-service van de U.S. National Library of Medicine. MeSH is de gezaghebbende gecontroleerde woordenschat van de NLM die wordt gebruikt om de biomedische literatuur in PubMed te indexeren — een samengestelde thesaurus van ziekten, anatomie, chemicaliën en geneesmiddelen, organismen, psychiatrie en psychologie, analytische en diagnostische technieken, gezondheidszorg en meer. Elk concept is een "descriptor" met een stabiele unieke id (bijv. D003920), een voorkeursnaam, een reeks ingangstermen (synoniemen en lekenvarianten) en een lijst met toegestane kwalificaties (subkoppen zoals medicamenteuze therapie, diagnose of epidemiologie). /v1/search?q=diabetes doorzoekt descriptoren op hun voorkeursnaam (match=contains, exact of startswith) en retourneert de id en het label van elke descriptor. /v1/term?q=heart attack lost een lekenterm of synoniem op naar de MeSH-descriptor(s) waartoe het behoort, zodat alledaagse taal wordt gekoppeld aan de gecontroleerde woordenschat (heart attack naar Myocardial Infarction). /v1/descriptor?id=D003920 retourneert het volledige record van een descriptor — de voorkeursnaam, alle ingangstermen (synoniemen), de toegestane kwalificaties en zie-ook kruisverwijzingen, met een link naar de MeSH-browser. Ideaal voor biomedische natuurlijke-taalverwerking en tekstmining, taggen en indexeren van literatuur, bouwen van klinische en onderzoekszoekhulpmiddelen, automatisch aanvullen van medische terminologie en het koppelen van vrije tekst aan een standaardontologie. Gegevens van NLM MeSH (publiek domein). Voor geneesmiddelspecifieke klinische nomenclatuur en interacties, zie de RxNorm API.

api.oanor.com/mesh-api

Cellosaurus als API, aangedreven door het SIB Swiss Institute of Bioinformatics — de referentie-encyclopedie van cellijnen die in biomedisch onderzoek worden gebruikt. Met meer dan 150.000 vermeldingen, variërend van kankercellijnen, hybridoma's, geïnduceerde pluripotente stamcellen en cellijnen van honderden soorten, is Cellosaurus de gezaghebbende catalogus die onderzoekers gebruiken om de cellijnen achter gepubliceerde experimenten te identificeren en te valideren. Doorzoek de cellijnen op naam of trefwoord en verkrijg de Cellosaurus-toegang (CVCL_…), naam, categorie, soort en ziekte van elke lijn; en lees het volledige record van een cellijn — de naam en synoniemen, categorie (bijv. kankercellijn, hybridoma, stamcel), soort met NCBI-taxonomie-id, geslacht, leeftijd, de ziekte waarvan het is afgeleid met NCIt/ontologie-identificatoren, het weefsel of anatomische plaats van herkomst, de oudercellijn en het aantal afgeleide dochtercellijnen, het aantal literatuurverwijzingen en de vele kruisverwijzingen (naar ATCC, DSMZ, ECACC, Wikidata en meer), relevante webpagina's, en — cruciaal voor reproduceerbaarheid van onderzoek — of de lijn is gemarkeerd als PROBLEMATISCH, wat betekent dat deze verkeerd is geïdentificeerd of kruisbesmet is, samen met de toelichtende notities. Ideaal voor laboratoriumkwaliteitscontrole en cellijnauthenticatie, biomedisch en kankeronderzoek, gegevenscuratie en reproduceerbaarheidscontroles. Toegangen zien eruit als CVCL_0030 (HeLa). Gegevens van Cellosaurus (CC-BY 4.0).

api.oanor.com/cellosaurus-api

Europe PMC als API, aangedreven door EMBL-EBI — een open repository van biomedische en levenswetenschappelijke literatuur met meer dan 45 miljoen abstracts en meer dan 9 miljoen full-text artikelen uit PubMed, PubMed Central, preprint-servers (bioRxiv en medRxiv), patenten en Agricola. Doorzoek de literatuur met rijke veldsyntaxis (op auteur, titel, tijdschrift, MeSH-term, publicatiejaar of open-access-status), sorteer resultaten op relevantie, datum of citatieaantal, en beperk optioneel tot alleen preprints; lees de volledige metadata en samenvatting van een artikel — de auteurs, tijdschrift, volume en pagina's, DOI, PubMed- en PMC-identificatoren, MeSH-termen, trefwoorden, subsidies en links naar de gratis volledige tekst; en doorloop het citatienetwerk in beide richtingen: de artikelen die een bepaald artikel citeren, en de werken waarnaar dat artikel zelf verwijst. Samen stellen deze u in staat om wetenschappelijke impact te meten, citatiegrafieken te bouwen, een onderzoeksthema te volgen via preprints en peer-reviewed artikelen, en bewijs te leveren voor bibliometrische, systematische review- en onderzoeksintelligentie-tools. Artikelidentificatoren zijn PubMed-IDs (numeriek), PMC-IDs (PMC…) of preprint-IDs (PPR…); de bron is standaard PubMed (MED). Gegevens van EMBL-EBI Europe PMC.

api.oanor.com/europepmc-api

Biomedische ontologieën als API, aangedreven door de EBI Ontology Lookup Service (OLS). Doorzoek meer dan 280+ samengestelde ontologieën — ziekten (MONDO), menselijke fenotypes (HP), de Gene Ontology (GO), anatomie (UBERON), celtypen (CL), chemie (ChEBI), experimentele factoren (EFO), de NCI Thesaurus en vele andere — om termen te vinden op naam; blader door de volledige ontologiecatalogus met versies en termaantallen; lees elke term voor de definitie, exacte synoniemen, OBO-id, IRI en verouderde status; en doorloop de klassehiërarchie via de directe ouders en kinderen van een term. Ideaal voor klinische data-harmonisatie en -codering, biomedisch zoeken en automatisch aanvullen, kennisgraafverrijking, annotatie- en curatiepijplijnen, en onderzoeks- en EPD-toepassingen die standaardvocabulaires nodig hebben. OBO-ids zien eruit als MONDO:0005148 of GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api

Doorzoek 's werelds biomedische literatuur en haal schone artikelmetadata en samenvattingen op, mogelijk gemaakt door de U.S. National Library of Medicine's PubMed via NCBI E-utilities. Zoek in meer dan 35 miljoen citaten op trefwoord met sortering op relevantie of datum, zoek een of meer artikelen op PubMed-id voor titel, auteurs, tijdschrift, publicatiedatum, volume/nummer/pagina's, DOI en publicatietype, of haal de volledige samenvattingstekst van een artikel op. Gezaghebbende open data geretourneerd als overzichtelijke JSON via een snelle, betrouwbare API. Ideaal voor gezondheidstechnologie en klinische tools, farmaceutisch en levenswetenschappelijk onderzoek, systematische reviews, referentiebeheerders en academische apps.

api.oanor.com/pubmed-api