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PDB API

gesund 4,496 Subscribers

Die RCSB Protein Data Bank als API — 3D-makromolekulare Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren und Komplexen, unterstützt durch die offiziellen RCSB PDB-Daten und Suchdienste. Rufen Sie einen Struktureintrag anhand seiner 4-stelligen PDB-ID ab für Titel, experimentelle Methode (Röntgen, Kryo-EM, NMR), Auflösung, Schlüsselwörter, Hinterlegungs- und Veröffentlichungsdaten, Autoren, Primärzitat sowie Anzahl der Entitäten und Assemblies; führen Sie eine Volltextsuche über das gesamte Archiv durch, die übereinstimmende PDB-IDs und die Gesamtzahl der Treffer zurückgibt; lesen Sie eine Polymer-Entität für ihren Protein- oder Nukleinsäurenamen, die Einbuchstabensequenz, Länge, Quellorganismus, Ketten und verknüpfte UniProt-IDs aus; lesen Sie eine biologische Assembly für ihren oligomeren Zustand, Symmetrie sowie Ketten- und Atomanzahl; listen Sie die in einer Struktur gebundenen Liganden mit ihren Komponenten-IDs und Namen auf; und schlagen Sie jede chemische Komponente (Ligand) anhand des Codes für Formel, Gewicht, SMILES und InChIKey nach. Ideal für Strukturbiologie- und Wirkstoffforschungs-Tools, molekulare Viewer, Bioinformatik-Pipelines, Bildungs-Apps und Forschungs-Dashboards.

#pdb #protein-structure #structural-biology #crystallography #cryo-em #bioinformatics #rcsb
api.oanor.com/pdb-api
API-Key holen Im Playground testen → Anbieter kontaktieren

Maschinenlesbare Spezifikation, damit KI-Agenten diese API integrieren können.

/api/pdb-api/openapi.json
/api/pdb-api/llms.txt

Discovery: GET /api/index.json listet alle APIs.

PDB API — live data on the oanor API marketplace

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AlphaFold API — oanor API marketplace

AlphaFold API

Die AlphaFold-Proteinstrukturdatenbank als API, bereitgestellt von EMBL-EBI und Google DeepMind. AlphaFold sagt die dreidimensionale Struktur eines Proteins aus seiner Aminosäuresequenz mit experimenteller Genauigkeit voraus, und die Datenbank umfasst jetzt über 200 Millionen Proteine – nahezu jede Sequenz in UniProt. Rufen Sie das AlphaFold-Modell für jedes Protein anhand seiner UniProt-Zugangsnummer ab und erhalten Sie dessen Gen- und Proteinbeschreibung, Organismus und Sequenzlänge, Modellversion und Erstellungsdatum, den globalen Konfidenzwert, die vollständige Aminosäuresequenz sowie direkte Download-Links zur vorhergesagten Struktur als mmCIF, PDB und BinaryCIF zusammen mit dem Bild und den Daten des vorhergesagten Ausrichtungsfehlers (PAE); und lesen Sie die strukturelle Abdeckung eines Proteins – die vorhergesagten AlphaFold-Modelle und alle verknüpften Strukturen mit ihrem Anbieter, ihrer Modellkategorie, ihrer Methode und dem abgedeckten UniProt-Restbereich. Ideal für Strukturbiologie, Wirkstoffforschung und Zielbewertung, Protein-Engineering, molekulare Visualisierung und Lehre. Proteine werden durch UniProt-Zugangsnummern identifiziert (z. B. P00520 oder P38398). Daten aus der AlphaFold DB (CC-BY 4.0). Für experimentell bestimmte 3D-Strukturen siehe die PDB API, für Proteinsequenzen und funktionale Annotation die UniProt API und für Familien & Domänen InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

 EMDB API — oanor API marketplace

EMDB API

Die Electron Microscopy Data Bank (EMDB) als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – das öffentliche Archiv für dreidimensionale elektronenmikroskopische Dichtekarten von Proteinen, Nukleinsäuren und großen makromolekularen Komplexen. EMDB ist das elektronenmikroskopische Gegenstück zur Protein Data Bank und enthält Karten, die durch Einzelpartikel-Kryo-EM, Elektronentomographie und Elektronenkristallographie gelöst wurden – die Technik hinter der jüngsten „Auflösungsrevolution“ in der Strukturbiologie. /v1/search?q=ribosome durchsucht das Archiv und gibt für jeden Treffer die EMDB-ID (z. B. EMD-1010), den Titel, die elektronenmikroskopische Methode und die Auflösung in Ångström zurück. /v1/entry?id=EMD-1010 gibt die Metadaten eines Eintrags zurück – seinen Titel, die EM-Methode (Einzelpartikel, Tomographie, …), den Aggregatzustand, die Auflösung, die untersuchte biologische Probe, Klassifikationsschlüsselwörter, die Daten der Hinterlegung, Kartenfreigabe und letzten Aktualisierung sowie die hinterlegenden Autoren. EMDB-IDs sehen aus wie EMD-1010, und Sie können nur die Nummer übergeben. Ideal für strukturbiologische und Kryo-EM-Werkzeuge, Strukturvergleichs- und Visualisierungs-Apps sowie Bildung. Daten von EMBL-EBI EMDB (Public Domain). Dies ist das Archiv experimenteller elektronenmikroskopischer KARTEN – zu unterscheiden von Atomkoordinatenstrukturen (PDB), vorhergesagten Strukturen (AlphaFold) und Proteinsequenzdatenbanken (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

 Complex Portal API — oanor API marketplace

Complex Portal API

Das Complex Portal als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – eine manuell kuratierte, enzyklopädische Datenbank stabiler makromolekularer Komplexe: Ansammlungen von zwei oder mehr Proteinen (und manchmal Nukleinsäuren, Liganden oder kleinen Molekülen), die als eine einzige funktionelle Einheit zusammenarbeiten, wie Ribosomen, Proteasomen, RNA- und DNA-Polymerasen, das Spleißosom, Atmungskettenkomplexe und Tausende weitere in vielen Spezies. Durchsuchen Sie die Komplexe nach Stichwort und optional nach Organismus, und erhalten Sie für jeden Komplex die Complex Portal-Zugangsnummer (CPX-…), den Namen, den Organismus, die Beschreibung und ob er rechnerisch vorhergesagt ist; lesen Sie den vollständigen kuratierten Datensatz eines Komplexes, einschließlich seiner empfohlenen und systematischen Namen, Synonyme, Spezies, biologischen Funktion, der beteiligten Untereinheiten jeweils mit ihrer Molekülkennung (z. B. einer UniProt-Zugangsnummer) und Stöchiometrie, aller zugehörigen Liganden und Krankheiten, des Evidenztyps und Querverweisen zu UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata und mehr; und rufen Sie nur die Untereinheitenzusammensetzung eines Komplexes ab. Ideal für Struktur- und Systembiologie, Signalweg- und Netzwerkanalyse, Proteinfunktionsforschung und Bioinformatik-Pipelines. Komplexzugänge sehen aus wie CPX-6036. Daten vom EMBL-EBI Complex Portal (IMEx-Konsortium, CC-BY). Für Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke siehe die STRING API, für Proteinsequenzen UniProt, für biologische Signalwege Reactome und für Familien & Domänen InterPro.

api.oanor.com/complexes-api

 Bragg Diffraction API — oanor API marketplace

Bragg Diffraction API

Röntgenkristallographie-Mathematik als API, lokal und deterministisch berechnet. Der Winkel-Endpunkt wendet das Braggsche Gesetz n·λ = 2·d·sinθ an, um den Beugungswinkel θ und den experimentell aufgezeichneten 2θ-Wert aus dem Netzebenenabstand eines Kristalls und der Röntgenwellenlänge zu liefern, standardmäßig mit der üblichen Cu-Kα-Quelle bei 0,15406 nm und Angabe der höchsten beobachtbaren Ordnung ⌊2d/λ⌋ — ein Netzebenenabstand von 0,2 nm beugt Cu Kα zu θ ≈ 22,65°, einem 2θ-Peak nahe 45,3°. Der Abstands-Endpunkt kehrt das Gesetz um, d = n·λ/(2·sinθ), und liest den Gitterabstand direkt aus einem gemessenen XRD-Peak ab — die alltägliche Aufgabe der Indizierung eines Beugungsmusters, sodass ein 2θ von 31,77° für Kochsalz den (200)-Abstand von 0,2814 nm ergibt. Der Wellenlängen-Endpunkt löst λ = 2·d·sinθ/n, um die Quelle zu identifizieren oder zu kalibrieren. Längen werden in Nanometern oder Ångström und Winkel in Grad eingegeben, und jede Beugungsordnung n wird unterstützt. Alles wird lokal und deterministisch berechnet, daher ist es sofort und privat. Ideal für Entwickler von Apps in den Bereichen Materialwissenschaft, Kristallographie, Mineralogie, XRD, Halbleiter- und Festkörperphysik, sowie für Werkzeuge zur Gitterabstands- und Musterindizierung und Laborsoftware. Reine lokale Berechnung — kein Schlüssel, kein Drittanbieter-Dienst, sofort. Live, nichts wird gespeichert. 3 Endpunkte. Dies ist Bragg-Beugung in Reflexionsgeometrie mit dem 2d-Faktor; für optische Doppelspalt- und Gitterbeugung verwenden Sie eine Wellenoptik-Beugungs-API.

api.oanor.com/bragg-api

Häufig gestellte Fragen

Schnelle Antworten zu Preisen, Kontingenten und Integration.

Wie bekomme ich einen API-Key für PDB API?
Registriere dich kostenlos auf oanor.com, erstelle einen API-Key im Entwickler-Dashboard und rufe PDB API mit dem x-oanor-key-Header auf. Keine Kreditkarte für den Free-Tier nötig.
Wie hoch ist das Rate-Limit für PDB API?
Der Free-Tier erlaubt 1 Anfrage pro Sekunde. Bezahlte Pläne skalieren bis zu 50 Anfragen pro Sekunde im Mega-Tier. Harte Limits liefern HTTP 429 oberhalb der Quote — keine überraschenden Mehrkosten.
Was kostet PDB API?
PDB API hat einen Free-Tier mit 100 Calls / Monat. Bezahlte Pläne starten bei €7.10 / Monat mit höheren Kontingenten und schnelleren Rate-Limits.
Kann ich mein Abo jederzeit kündigen?
Ja. Pläne werden monatlich abgerechnet und du kannst jederzeit in deinem Billing-Dashboard kündigen. Keine Mindestlaufzeit und keine Kündigungsgebühr.
Ist PDB API DSGVO-konform?
Alle Anfragen an PDB API laufen über unser EU-Gateway. Dein Upstream-API-Key verlässt nie unseren Server und es werden keine personenbezogenen Daten an den Upstream-Anbieter weitergegeben außer der Anfrage selbst.

Wähle einen Endpoint aus der Liste links — Details und Playground erscheinen hier.

Code-Snippets

Registrieren, um einen API-Key zu bekommen, dann jeden Pfad unter deinem Slug aufrufen.

curl https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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